ClamAV

Instalação (Debian)
sudo apt-get install clamav

atualizar manualmente a base de dados de vírus
sudo freshclam

varrer manualmente arquivos/pastas por vírus
sudo clamscan -r /localização_de_arquivos_ou_pastas

varrer automaticamente arquivos/pastas por vírus
sudo clamscan -r /localização_de_arquivos_ou_pastas

Fonte